نگرانی های ایمنی مواد غذایی برای شکلات در هر دو مرحله تولید (برداشت و تولید) ایجاد می شود.
از آنجایی که دانه های کاکائو به طور کلی در کشورهایی غیر از کشورهایی که شکلات مغزدار شونیز طلایی را پردازش می کنند، برداشت می شود، شیوه های ایمنی مواد غذایی ممکن است متفاوت باشد.
بنابراین، اهمیت ایمنی مواد غذایی در مراحل نهایی فرآوری بسیار مهم است کشورهایی که بیشترین مقدار کاکائو را تولید می کنند، در کشورهای کم درآمد هستند.
کشاورزان کاکائو باید از مقررات سازمان بین المللی کاکائو (ICCO) پیروی کنند، اما به دلیل فشار مالی ناشی از پایبندی به این مقررات، برخی از مزارع ممکن است استانداردهای مناسب را رعایت نکنند.
برخی از کشورهای واردکننده استانداردهای بهداشتی و بهداشت گیاهی (SPS) را اجرا می کنند که تولیدکنندگان کاکائو را ملزم می کند تا قبل از صادرات دانه های خود، تمام اقدامات ایمنی را رعایت کنند.
حتی با قوانین سختگیرانه و فناوری نوآورانه، از برداشت دانه کاکائو تا حمل و نقل آن برای فرآوری، خطرات فیزیکی، شیمیایی و میکروبی دارد.
خطرات فیزیکی می تواند شامل هر جسم خارجی باشد که از محیط طبیعی یا مصنوعی به دست می آید، مانند سنگ ها، شاخه ها یا قطعات فلزی از تجهیزات پردازش است.
آلودگی شیمیایی می تواند در مزرعه از طریق فلزات سنگین در خاک یا استفاده از آفت کش ها و همچنین قرار گرفتن ناخواسته در معرض مواد شیمیایی مورد استفاده در کارخانه فرآوری رخ دهد.
آلودگی میکروبیولوژیکی می تواند در هر یک از مراحل فرآوری، هم در مزرعه و هم در کارخانه تولید رخ دهد.
دست‌های ناپاک کارگران، بقایای تجهیزات، حشرات، ابزارها، سبدها و برگ‌های گیاه همگی رسانه‌ای برای انتقال عوامل بیماری‌زا به دانه‌های کاکائو در مزارع هستند.
در طی مراحل تخمیر و تولیدات در آفتاب خشک کردن، دانه های کاکائو به شدت به آلودگی قارچ ها و مایکوتوکسین ها، عمدتاً توسط آفلاتوکسین و اکراتوکسین A حساس هستند.
در طول حمل و نقل، اگر آلودگی کنترل نشود، دانه های کاکائو می توانند در معرض پاتوژن های محیطی قرار بگیرند.
